Stebi Syaikhona Kholil Sidogiri Pasuruan mempunyai lambang lima mahkota dan berwarna hijau yang mempunyai makna sebagai berikut :
  1. Lima Mahkota terdiri dari mahkota luar dan mahkota dalam:
    •  
    • a. Mahkota luar diartikan sebagai lembaga yang telah memiliki kepercayaan (legitimasi) masyarakat.
    •  
    • b. Mahkota dalam melambangkan solidaritas dan kebersamaan antar komponen internal.
    •  
  2. Warna Kuning melambangkan kebangkitan pemikiran dan perubahan.
  3. Warna Hijau melambangkan kesejahteraan dan keteduhan bagi masyarakat.
  4. Lingkaran bundar bertuliskan Yayasan Syaikhona Kholil Sidogiri Pasuruan mempunyai arti wadah dan wahana yang berorientasi pada pendidikan dan sosial.
  5. Segitiga melambangkan bingkai perjuangan, dimana kedua garis sisi memiliki arti pemenuhan kebutuhan dunia dan akhirat yang berimbang, sedang garis bawah segitiga adalah nilai-nilai dasar Islam Ahlussunnah Wal jama’ah.
  6. Bintang melambangkan labuhan harapan dan cita-cita yang luhur.
  7. Kubah melambangkan aktifitas organisasi yang berlandaskan keikhlasan ibadah kepada Allah SWT.
  8. PPSKS adalah nama akronim atau singkatan nama Lembaga Yayasan Pondok Pesantren Syaikhona Kholil Sidogiri.
  9. Rantai melambangkan jalinan kebersamaan di dalam wadah Negara Kesatuan Republik Indonesia.